원유는 세균의 발육증식에 매우 적합한 조건을 갖춘 환경으로 세균의 증식이 시작되면 온도를 낮추어도 그 증식은 멈추지 않기 때문에 원유를 착유직후 조기에 4℃에 급속 냉각시키는 것은 매우 중요하다. 또 착유시 원유에 오염된 세균수가 많을수록 동일한 냉각조건하에서도 세균의 증식이 높아지게 되므로 착유위생과 착유기, 냉각기의 세척 및 살균이 중요하다. 세척은 착유 후 남겨진 모든 원치 않은 물질의 제거 및 미생물의 박멸을 포함하며 세척은 착유 후 가능한 빨리 수행하여야 한다.
고정 시설의 세척은 물을 이용하며 보통 clean-in-place (CIP) 방식을 이용한다. 이 방식은 식품 산업의 파이프라인 및 폐쇄형 시설들을 세척하는 일반적인 방법입니다. 비록 물 흐름을 생성하고 조절하는 방법에는 다소 차이가 있을지라도, 농장의 착유 시설 또한 CIP-시스템으로 세척된다.
착유 후 착유 장비는 액상 우유의 잔여물 및 우유의 대기 중 건조된 막들로 오염된다. 이 오래된 우유(종종 얼룩이라고 불리는)의 주요 부분은 물과 함께 헹굼으로서 쉽게 제거된다. 그러나 이러한 얼룩 중 유막, 유스케일, 유석, 클로로 프로테인은 제거하기가 어렵다. 유막은 착유기기 표면의 원유가 건조하여 부착된, 희게 보이는 오물로서 지방, 단백질, 광물질이 섞여 붙어있다. 유스케일은 단백질과 광물질이 장시간 축적되어 두꺼운 막형태의 껍질이 되어 눌러 붙은 오물로 세균의 오염원이 된다. 유석은 열변성한 단백질이 해면상으로 엉켜 미네랄도 포함하는 가장 제거하기 어려운 오물이다. 클로로 프로테인은 단백질 오물이 남아있는 곳에 염소계 살균제가 접촉 또는 착유기기 표면에 저농도의 염소계 살균제가 작용, 이것과 생유가 접촉하면 불용성의 접착력이 강한 클로로프로테인이 부착하여 성가신 오물이 된다.
우유와 접촉이 있는 착유 기계의 모든 부분인 착유 장치, 유량계, 우유 라인 및 리시버, 우유 전단배관 및 우유 냉각 탱크는 세척해야 한다.
